O clima predominante na região é o tropical, quente e semi-úmido, marcado por chuvas no verão e períodos secos durante o inverno, podendo estes períodos prolongar-se por até quatro meses na zona pantaneira.

Com relação as temperaturas, estas podem variar conforme a unidade de relevo local. Por exemplo, no Planalto Sedimentar do Paraná, as médias anuais giram em torno dos 23ºC, já no Pantanal registram-se aproximadamente 26ºC durante todo o ano (média). O índice pluviométrico anual do estado é de 1.500mm; a região em que mais chove é o Pantanal registrando por ano 1.250mm.

Outro tipo climático pode ser encontrado no Mato Grosso do Sul. Tropical de altitude ocorrendo no extremo sul do Estado (próximo do Paraná), com verões chuvosos e invernos secos. O período de inverno é rigoroso registrando temperaturas próximas a 0º, com isto, as geadas são freqüentes nesta época. Nesta porção do estado a temperatura média anual supera em poucos graus a 20ºC; as chuvas atingem no máximo 1.500mm.