Por estar localizado entre as regiões amazônica e nordeste, e também pela extensão no sentido norte-sul, o estado apresenta diferenças climáticas e pluviométricas.

A oeste domina o clima tropical quente e úmido (As), típico da região amazônica. As secas são reduzidas, prevalecendo as chuvas que ocorrem em níveis elevados durante todo o ano praticamente, superando 2.000mm/ano.

O restante do estado é marcado por clima tropical quente e semi-úmido (Aw), com as chuvas ocorrendo durante o verão sendo o inverno seco. As chuvas nesta porção são reduzidas a 1.250mm/ano, e menos ainda a sudeste - mil milímetros anuais.

As temperaturas em todo o Maranhão são elevadas, com médias anuais superiores a 24°C, ao norte chega a atingir 26°C.